Većinu zarobljenih primjeraka Nijemci su predali zrakoplovstvu Nezavisne Države Hrvatske. Tu su u početnom periodu služili za preobuku i trenažu pilota, a poslije su opremljeni nosačem za bombu od 90 ili 100 kg, pa su sve češće upotrebljavani za bombardiranje iz strmog poniranja. Nakon prebjega Kluza i Čajaveca na partizansku stranu, a zbog bojazni da bi se sa prebjeglim avionima mogao biti napadnut i sam Zagreb, nekoliko primjeraka R-100 iz druge proizvodne serije opremljenih mitraljezom korišteno je u ulozi klasičnog lovca patrolirajući na prilazima Zagrebu u očekivanju napada partizanskih aviona. Posljednji borbeni zadatak na ovom avionu izvršen je 26. travnja 1945. kada je poručnik Jelak bombardirao most na rijeci Kupi kod sela Vinice pokušavajući usporiti napredovanje partizanskih snaga.
Nekoliko primjeraka preživjelo je rat te su korišteni u novoj Jugoslaviji. Dijelovi jednog od njih danas se nalaze u Muzeju jugoslavenskog vazduhoplovstva na Surčinu.